Desde las llanuras amazónicas hasta las alturas de los Andes y las costas del Caríbe y el Pacífico Colombia presenta una gran variedad de ecosistemas que hacen de ella unos de los países con mayor biodiversidad del mundo. Colombia tienen el mayor número de especies por unidad de superficie del planeta. La flora y la fauna son las propias del imperio biogeográfico y la ecozona neotropical.
El ministerio de medio ambiente de Colombia divide el territorio en 21 unidades vegetales con características particulares, que a su vez se agrupan en zonas que forman mosaicos complejos y diversos.
Vegetacion de playa: Se trata de franjas discontinuas y paralelas a la costa del litoral atlántico, el archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina; más algunas franjas en el Pacífico. Es una vegetación fundamentalmente herbácea, con manchas arbustivas y extensas agrupaciones de cocoteros, manzanillos, uveros y Trupillos.
Manglares: El manglar aparece tanto en la costa del Pacífico como en la del Atlántico. Alcanzan alturas de entre 25 y 30 metros. En el Pacífico, donde se encuentran las mayores extensiones, predomina el mangle rojo (Rhizophora brevistila) y en el Atlántico el mangle colorado (Rhizophora mangle).
Natales: Se encuentran representados en áreas de transición entre el manglar y las selvas del Pacífico. Son franjas inundadas por aguas salobres que se extienden entre 2 y 3 km detrás de los manglares. Su especie característica es el nato (Mora oleifera).
Bosques tropófilos: Se encuentran en la llanura del Caribe, parte norte de la región pacífica y en San Andrés y Providencia. Algunas especies característicos son el Caracolí, el Orejero, la Ceiba y las Acacias. Los bosques del Pacífico son abundantes en árboles caducifolios como la Voladera, la Bonga, el Lano, etc. En San Andrés y Providencia se encuentran el Cedro, el Palo Brasil y el Caoba.
Matorrales subxerófilos: Se encuentran en la alta Guajira. Es un vegetación muy dispersa, de árboles escasos y achaparrados, muchos de ellos espinosos.
Cardonales xerófilo: Se encuentran en la media y alta Guajira. Predominan las cactáceas arborescentes. Algunas veces se encuentra Trupillo y Espino.
Sabanas: Son formaciones vegetales donde predominan las gramíneas. Se encuentran en diferentes regiones. Las más extensas están en los Llanos Orientales, pero también aparecen en la llanura del Caribe. En los Llanos Orientales aparece algunas leñosas, como chaparro, alcornoque y drago.
Vegetación de zonas cenagosas: Se localizan en áreas que permanecen inundadas la mayor parte del año. Algunas especies características son la lechuga acuática, lirio acuático y tabaquillo. En las márgenes de las ciénagas se encuentra vegetación herbácea.
Bosques ecuatoriales: Se encuentran sobre las tres cordilleras y en la Sierra Nevada de Santa Marta a una altitud de entre 1.100 a 1.350 metros. Pueden ser de cuatro tipos: bosque ecuatorial ombrófilo, bosque ecuatorial higrófilo, bosque subhigrófilo y bosque ecuatorial subxerófilo.
* El bosque ecuatorial ombrófilo se encuentra en la parte media y baja del la cuenca del río Magdalena, en las cuencas de los ríos Baudó, San Juan, Naya y en el delta del Patía.
* El bosque ecuatorial higrófilo se presenta en condiciones de alta humedad permanente, en la región pacífica, la región andina y la región amazónica.
* El bosque ecuatorial subhigrófilo se localizan en la región pacífica, la Amazonía y en la región andina. Es un bosque que cambia su aspecto entre la estación de lluvias y la seca, ya que muchas de sus especies pierden las hojas.
* El bosque ecuatorial subxerófilo aparecen en la región del Caribe, la vertiente oriental de la Cordillera Central y en los valles de los ríos Magdalena, Guarinó, La Miel y Guarinó Norte. Los árboles no sobrepasan los 15 metros de altura, sus troncos son retorcidos y ramificados, de copas en forma de parasol, dosel discontinuo y muchos de ellos pierden las hojas durante los períodos secos.
Bosques subandinos: Se ubican a una altitud de entre 1.900 y 2.700 metros. Son zonas de transición entre las especies de la selva del Orinoco y el Amazonas y las de la selva andina y altoandina. Las especies más características son las lauráceas, musgos, hepáticas, líquenes y helechos, orquídeas, bromeliáceas y ericáceas.
Bosques andinos: Se ubican a una altitud de entre 3.100 y 3.700 metros. Los árboles no suele pasar de los 25 metros. Se encuentran helechos arborescentes, palmas, briófitas, líquenes, hongos y plantas vasculares pequeñas, además abundan las epífitas.
Bosques altoandinos: Se hallan en las cordilleras Central y Occidental, entre 3.700 y 3.900 metros de altitud y en la Cordillera Oriental, entre 3.100 y 3.700 metros. Presentan un estrato de arboles de 3 a 10 metros, un estrato arbustivo compuesto por arbustos, arbustillos y hierbas altas y otro herbáceo. Las briófitas forman colchones espesos. Son abundantes orquídeas, helechos y bromeliáceas.
Páramos: Los páramos son formaciones vegetales abiertas, sin árboles. Se extienden desde el límite superior del bosque alto andino, hasta el límite inferior de los glaciares. En las cordilleras Central y Occidental, el límite inferior se encuentra entre 3.800 y 3.900 metros de altitud; en la Cordillera Oriental entre 3.650 y 3.700 metros y en la Sierra Nevada de Santa Marta desde 3.100 metros. Se caracterizan por la presencia de pajonales de gramíneas, arbustillos enanos y plantas arrosetadas.
Hylea amazónica, caatingas, campiñas, varzeas e ipagos:
* La hylea es, específicamente, el bosque ecuatorial amazónico. Cubre la mayor parte de la región del Amazonas. Se encuentra en terrenos no inundables. Tiene varios estratos y los árboles más altos pueden alcanzar hasta 45 metros. El dosel superior es cerrado y el sotobosque tiene árboles pequeños.
* Las caatingas y las campiñas son manchas discontinuas de vegetación existentes a lo largo de ríos como el Inírida, Apaporis y Negro y asociadas a suelos de arenas blancas. La vegetación es esclerófila, con árboles de 30 metros en las caatingas y de 15 en las campiñas.
* Las varzeas son formaciones vegetales que crecen sobre suelos aluviales sujetos a inundaciones por los ríos de aguas blancas. Es un bosque continuo solo interrumpido por la presencia de lagos. Una gran porción de sus arboles presentan contrafuertes tabulares y raíces zancos, el dosel superior es abierto en algunos lugares y el sotobosque es denso y muy rico.
* Los ipagos son formaciones vegetales conformadas por bosques que crecen sobre áreas inundadas por los ríos de aguas negras. Se encuentran árboles bajos y muy ramificados donde abundan los contrafuertes tabulares y los pneumatóforos.

Región Insular: comprende las islas colombianas que no son consideradas islas costeras como el archipiélago de San Andrés y Providencia en el mar Caribe occidental y la isla de Malpelo en el océano Pacífico.*